Der Altar wurde 1947 im Zuge der Kirchenrenovierung von Bildhauer Vogl aus München geschaffen.
Dieser zeigt den gekreuzigten Christus flankiert von Johannes und Maria. Gestiftet wurde der Altar von einem Gemeindemitglied zum Gedenken an seinem im Zweiten Weltkrieg gefallenen Sohn.
Zuvor befand sich an der Stelle des heutigen Altars ein Kanzelaltar. Ein umfassender Umbau im Inneren der Kirche war 1744 notwendig. Da zur gleichen Zeit das Schloss Tiergarten bei Schrattenhofen und die dortige Kapelle abgebrochen wurde, erhielt die St. Barbarakirche von dort den Kanzelaltar sowie das heutige Deckengemälde, welches die Himmelfahrt Christi zeigt.
Eine Zeichnung des Kanzelaltars hat sich bis heute im Archiv der Kirchengemeinde erhalten. Darauf ist etwas skizzenhaft auch ein Altarbild unterhalb der Kanzel zu erkennen. Dieses wurde 1845 von Wilhelm Braun gefertigt und zeigt Christus bei den Jüngern in Emmaus, als Jesus das Brot bricht und von den Jüngern erkannt wird. Das Gemälde befindet sich heute im Gemeindesaal. Der Maler lebte von 1844 bis 1848 in Harburg und hatte hier auch sein Atelier.
Der Altar ist der Tisch des Herrn, um den sich die Menschen versammeln. Wenn Abendmahl gefeiert wird, befinden sich dort auf der Mensa auch die Abendmahlsgeräte. Hierzu zählt die Hostiendose und die Patene (Teller) aus dem 17. Jahrhundert. Kelch und Kanne sind aus dem 18. Jahrhundert. Die Geräte wurde alle von Augsburger Meistern gefertigt. Die Kannen wurden hierbei von Juliana Hölzel von Sternstein sowie von Johanna Sophia Rehm gestiftet und die Patene von Johannes Spagmann. Er war als Pfarrer noch in der alten St. Barbarakapelle und in der Barbarakirche tätig.
Die Altar- und Kanzelparamente zeigen mit ihren Farben die verschieden Abschnitte des Kirchenjahres an:
- weiß für die Weihnachts- und Osterzeit, Motiv: Alpha und Omega in einem Buch, umstellt mit den Symbolen der vier Evangelisten (Adler für Johannes, Löwe für Markus, Stier für Lukas, Engel für Matthäus), Schriftzug des Kanzelparaments: Des Herren Wort bleibt in Ewigkeit. (1. Petrus 1,25)
- violett für die Passions- und Adventszeit, Motiv: zwei trinkende Hirsche an einer Quelle labend, darüber das Kreuz, Schriftzug des Kanzelparaments: Mein Seele dürstet nach Gott. (Psalm 42,2)
- rot für Pfingsten, Motiv: Heiliggeisttaube, darüber drei gleichschenklige Kreuze und unter der Taube drei Wellenformen, Schriftzug des Kanzelparaments: Dein Wort ist die Wahrheit. (Johannes 17,17)
- grün für die Trinitatiszeit, Motiv: Christusmonogramm „IHS“, Schriftzug des Kanzelparaments: Christus ist Sieger.
- schwarz für den Karfreitag, Motiv: eine weiße Krone, darunter die Dornenkrone in Aufsicht. Schriftzug des Kanzelparaments: Jesus ist unser Friede. (Epheser 2,14)