Ursprünglich gab es in der St. Barbarakirche eine feste Sitzordnung für die Harburger.
So war im Bauplan von 1612 vorgesehen, dass die Bänke auf der Kanzelseite für die „fürnemer und weibstühle“ und auf der andere Seite für „manstühle“ gedacht waren. Hinter dem mittleren Quergang waren weitere „weibstühle“ eingezeichnet. Den Sitzplatz im Kirchenstuhl, konnte man erwerben, was dauerhaftes Sitzrecht und jeden Sonntag freie Plätze garantierte. Der Besitz von Kirchenstühlen war an „Häusern“, also Familien gebunden. Der Preis hierfür richtete sich danach, in welcher Reihe der Stuhl stand.
Der Oberamtmann hatte für sich und seine Familie einen eigenen Beamtenstuhl unten in der Kirche. Für diesen wünschte sich der Oberamtmann Wilhelm Schott von Schottenstein im Juli 1751, dass dieser Sitzplatz mit Gittern und Fenstern versehen werde, nachdem seine Kinder „bereits so viel Ungeziefer mit nach Hause gebracht haben.“ Das Epitaph des Oberamtmanns ist übrigens im Kirchhöfle zu finden.
Das alte Kirchengestühl, welches 1744 aus der abgebrochen Kapelle von Schloss Tiergarten bei Schrattenhofen stammte, wurde im Rahmen der Kirchenrenovierung im Jahr 1947 durch ein neugeschaffenes ersetzt. An den Wangen der Kirchenbänke sind verschiedene Symbole eingeschnitzt.